吴鹏出生于1987年，浙江杭州人。1992年进入杭州市陈经伦体校开始游泳训练，2000年进入浙江省体训一大队，2001年入选国家集训队。2001年全运会获得200米蝶泳金牌。2002年釜山亚运会包揽200米蝶泳、200米仰泳和400米个人混合泳三项冠军。此后，吴鹏一直保持着较高的竞技状态，并多次在国内外重大赛事中获得奖牌。2011年4月9日，在密歇根大奖赛男子200米蝶泳决赛中，吴鹏首次战胜菲尔普斯，勇夺冠军。

2013年辽宁全运会获得：男子200米蝶泳金牌；

男子100米蝶泳铜牌。